اكسيژن فعال ميکروارگانيسمهاي مختلف نظيرانواع باکتريها، ويروسها، پروتوزوئر ها، قارچها ، مخمر ها و اسپورها و هاگهاي منتشر شونده از طريق آب و هوا را ازبين مي برد . باکتريها، ميکروارگانيسم هاي کوچک تک ياخته اي هستند که داراي ساختمان ساده و ابتدايي مي باشند. فشار اسمزي داخلي اکثر باکتريها حدود 5 تا 20 اتمسفر مي باشد . اين امر بعلت غلظت زياد مواد محلول درون سلولي است . اسکلت محکمي دور سلول باکتري بنام ديواره سلولي از انفجار باکتري وپاره شدن غشاء به علت اختلاف فشار اسمزي درون و بيرون باکتري جلوگيري مي کند. مولکول اكسيژن فعال با حمله به جدار سلول باکتري موجب از هم گسيختگي وو پارگي ديواره سلولي ودر نتيجه مرگ باکتري مي گردد. اثرات باكتريوسيدي اكسيژن فعال بر روي انواع وسيعي از ارگانيسمها گرم مثبت و باكتريهاي گرم منفي و اسپورها و سلولهاي رويشي مطالعه شده است.
(Fetner & Ingols, 1956; Foegeding, 1985; Ishizaki, Shinrik, & Mastuyama, 1986; Restaino, FramPton, Hemphill & Palnikar, 1995)
تحقيقي توسط Restaion et al (1995) بر روي اثرات ضد باكتريايي آب اكسيژن فعال دار بر ضد ميكروارگانيسمهاي مربوط به غذا انجام داده شد و مشخص شد كه اكسيژن فعال اثرات كشندگي بر روي باكتريهاي گرم مثبت مانند Enterococcus faecalis, ،Staphylococcus aureus, Listeria monocytogenes همچنين باكتريهاي گرم منفي مانند Yersinia enterocolitica, Pseudomonas aeruginosa, دارد.
.(1995) Restaino et al مشخص كرد كه اكسيژن فعال، مخمر zygosaecharomyces bacilli ,candida albicans و اسپورها و Aspergillus niger منهدم مي‌كند. انهدام باكتريها توسط اكسيژن فعال از طريق اثر بر روي غشاي گليكوپروتئين و گليكوليپيد ميباشد.
ويروسها نيزجزو ميکروارگانيسم ها مي باشند ليکن به وضوح از ديگر سلولها متفاوتند. ويروسها ذراتي غير مستقل هستند که تنها در داخل سلول ميزبان تکثير مي يابند . هر ذره ويروس شامل يک مولکول اسيد نوکلئيک ( DNAياRNA ) ميباشد.
در اطراف اين مولکول پوششي از جنس پروتئين قرار دارد که کاپسيدCapsid ناميده مي شود وظيفه کاپسيد محافظت از اسيد نوکلئيک ويروس وامکان پذير نمودن اتصال و دخول ويروس به سلول ميزبان مي باشد.مولکولهاي اكسيژن فعال با نفوذ از ميان پوشش پروتئيني ، اسيد نوکلئيک ويروسي را از تخريب مي کنند و درغلظت هاي بالاتر با تخريب پروتئين کاپسيد ، سلول ويروسي را منهدم مي نمايند.